از همان روزهای نخست آغاز طرح تحول سوالی که پیش روی صاحبنظران و کارشناسان قرارگرفت، تأمین منابع و پشتوانه دولت برای اجرایی کردن طرح بود. برنامه پنجم نیز دولت را مکلف کرده بود تا هزینه های پرداختی از جیب مردم به 30 درصد در بخش درمان تقلیل پیدا کند؛ این کاهش هزینه پرداختی به معنای این است که دولت با بیمه بار گرانی در طول اجرای طرح بردوش کشند. اما آنچه از اعتبارات از لحاظ قانونی سهم نظام سلامت کشور می باشد عبارتند از: 10 درصد از سهم درآمد های دولت از هدفمندی یارانه ها و منابع حاصل از یک درصد افزایش مالیات بر ارزش افزوده، که دولت می بایستی با بخشندگی بدون هیچ چشم داشت در بهداشت و درمان سرمایه گذاری کند. اما در واقعیت، خبری از سرمایه گذاری دولت نبود تا جایی که قاضی زاده هاشمی، وزیر بهداشت و درمان می گوید: تا 5 تیرماه، تنها 4 درصد از اعتبارات محقق شده است.
فقط تنها سرنخ بخشی از مشکلات تأمین مالی طرح تحول سلامت به دولت می رسد. حریرچی، قائم مقام وزارت بهداشت، در هفته های اخیر به بدهی 78 هزار میلیاردی بیمه به نظام سلامت سخن به میان آورد و از عدم توجه بیمه ها به پرداخت بدهی شان گلایه نمود. با وجود چنین مشکلات مالی بدیهی است وزیر بهداشت دست بر قلم برده و نسبت به ادامه طرح تحول نظام سلامت به رئیس جمهور هشدار دهد.
برخی کارشناسان بر این اعتقاد هستند که مشکلات مالی نظام سلامت ناشی از حقوق های چند صد میلیونی است که به پزشکان متخصص اعطا می شود تا با جلب رضایتمندی آن ها، سایر پزشکان بخش خصوصی تشویق به حضور در بخش دولتی شوند، که این اقدام نه تنها منجر به کاهش هزینه های درمان خانوار نشده است، بلکه باعث غفلت پزشکان از حوزه بهداشت و پیشگیری شده است. نگارنده معتقد است وزارت بهداشت می توانست با رعایت تقدم و تأخر در اجرای برنامه ها و اسناد بالادستی، ابتدا به اجرای کامل نظام ارجاع و پزشک خانواده بپردازد و از افزایش تقاضای القایی ناشی از ارزان شدن خدمات درمانی بکاهد و بخش بیشتری از اعتبارات را صرف اجرای سیاست های پیشگیری چون ارتقای سواد سلامت، اصلاح الگوی تغذیه و کنترل بیماری های واگیردار نماید که به خودی خود این اقدام نیز موجب کاهش بار مراجعه بیماران به مراکز ارائه خدمت می شود. همچنین وزارت بهداشت در جهت تأمین منابع مالی به تجمیع بیمه های درمانی اهتمام ورزد که در ماده 32 برنامه پنجم توسعه نیز بدان تصریح شده است تا با استقرار نظام یکپارچه بیمه، مدیریت منابع بهتر از قبل صورت گرفته و شاهد بدهی های هنگفت بیمه های خدمات درمانی نباشیم.
