از شروع طرح تحول سلامت تاکنون، موضوع مدیریت منابع مالی حائز اهمیت بوده و همواره مورد انتقاد صاحبنظران قرار گرفته است. با اجرای این طرح، هزینه‌های نظام سلامت افزایش یافت و صندوق‌های بیمه جهت پرداخت هزینه‌ها با مشکلاتی روبرو شده‌اند. به عنوان نمونه، میزان بدهی صندوق بیمه سلامت ایرانیان تا سال ۹۵، ۶۴ هزار میلیارد ریال برآورد شده است و دولت برای تسویه این بدهی، در لایحه اصلاحیه بودجه ۹۵، انتشار ۶۰ هزار میلیارد ریال اوراق قرضه را پیشنهاد نمود. مجلس نیز با افزایش ۲ هزار میلیارد ریال به این مبلغ، لایحه اصلاحیه بودجه را تصویب نمود و این سازوکار برای حل بحران بدهی، با تصویب شورای نگهبان به قانون تبدیل شد.
انتشار اوراق قرضه برای جبران بدهی طرح تحول سلامت، به معنای فروش بدهی و موکول کردن تسویه بدهی به زمان دیگر و دولت‌های بعدی است، در حالی که طرح تحول توسط دولت یازدهم اجرا شده است. در تصدیق این موضوع، قربانی، نایب‌رئیس کمیسیون بهداشت و درمان مجلس نیز انتشار اوراق قرضه را به معنای تعهد پرداخت بدهی برای دولت آینده دانست. علاوه بر تعهد اجباری برای دولت آینده، یکی دیگر از مباحثی مهم اوراق قرضه، سود آن است. سود اوراق قرضه با توجه به تخمین بازدهی طرح تعیین می‌شود. از آنجا که پرداخت بدهی بیمه سلامت ایرانیان بازدهی نخواهد داشت، شک و تردیدها پیرامون «شبه ربوی بودن این اوراق» تقویت می‌شود.
اما این پایان ماجرا نیست؛ بنا بر ادعای ترکی، عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس، با ادامه روند موجود، تا انتهای سال۹۵، دولت مبلغ ۱۱۰ هزار میلیارد ریال به نظام سلامت بدهکار خواهد شد! وی این میزان بدهی را در شرایطی اعلام کرد که بدهی‌های قبلی بواسطه انتشار اوراق قرضه تسویه شده باشند. با قبول این ادعا، آیا دوباره برای بدهی‌های آتی، اوراق قرضه منتشر و دولت بعدی به بهانه ادامه طرح تحول در چاه بدهی گرفتار خواهد شد؟ بدیهی است اصلاح این روند مستلزم اقدامات اصلاحی در اجرای طرح تحول سلامت و چگونگی مدیریت منابع نظام سلامت خواهد بود.
