پس از شروع طرح تحول سلامت، میزان بدهی سازمان‌های بیمه‌گر به وزارت بهداشت افزایش یافت که این امر سبب شد روابط متقابل ارائه خدمت یعنی وزارت‌خانه و خریداران خدمت، یعنی سازمان‌های بیمه‌گر، با حاشیه‌هایی همراه شود. در هفته گذشته مدیرعامل سازمان تأمین اجتماعی اعلام کرد که تأمین اجتماعی به تمامی تعهدات خود در قبال طرح تحول عمل کرده است، اما بلافاصله یک روز بعد، وزیر بهداشت با رد ادعای مدیرعامل سازمان تأمین اجتماعی، از بدهی ۳۰۰۰ میلیارد تومانی این سازمان به وزارت بهداشت خبر داد. دیناروند، رئیس سازمان غذا و دارو نیز خاطرنشان کرد که وجود بدهی سازمان‌های بیمه‌گر به وزرات بهداشت، سبب مطالبه ۴ هزار میلیاردی شرکت‌های دارویی از شبکه بهداشت و درمان شده است. در مقابل، کبیر، رئیس سازمان بیمه سلامت، میزان بدهی سازمان متبوعش به وزارت بهداشت را در سال ۹۴، بیش از ۶ هزار میلیارد تومانعنوان کرد؛ وی از افزایش هزینه‌ها اظهار گلایه کرد و میزان افزایش هزینه‌ها را ۴۰۰ درصد و میزان افزایش اعتبارات را ۹۰ درصد اعلام کرد و به صورت تلویحی وزارت بهداشت را در افزایش بدهی مقصر دانست.
از جمع‌بندی این اظهارات به نظر می‌رسد که بدهی‌های میلیاردی بیمه‌ها به بیمارستان‌ها صحت دارد و این بدهی در نهایت به نقص در چرخه گردش دارو و درمان منجر خواهد شد. اما به نظر می‌رسد علت بدهی‌های روزافزون بیمه‌ها به مدیریت منابعِ ناصحیح وزارت بهداشت برمی‌گردد و وزارت بهداشت باید در این راستا اقدامات گذشته را اصلاح و برنامه‌هایی را در دستور کار خود قرار دهد. در همین رابطه، قربانی، نایب‌کمیسیون بهداشت و درمان مجلس، معتقد است جهت مدیرت منابع نظام سلامت، باید نظام ارجاع و پزشک خانواده را اجرا کرد؛ در غیر این صورت، بار سنگین بدهی‌ها از دوش نظام سلامت برداشته نخواهد شد. در همین راستا، لنکرانی، وزیر اسبق بهداشت، نیز با اظهار نگرانی از افزایش جمعیت سالمند کشور، نظام ارجاع را راه صحیح مدیریت منابع نظام سلامت دانست. وی اعتقاد دارد که با افزایش جمعیت سالمند، هزینه‌های درمان و مراجعه به پزشکان متخصص افزایش می‌یابد. بنابراین باید سطوح مختلف درمانی طراحی شود تا هزینه‌ها افزایش نیابد. رستمیان، نایب‌رئیس سابق کمیسیون بهداشت مجلس، اجرای راهنماهای بالینی را راهکار مناسبی جهت کاهش هزینه‌ها می‌داند و معتقد است بیمه‌ها تنها به پزشکانی پول بدهند که مطابق راهنماهای بالینی رفتار کنند.
بنابراین به منظور کاهش بدهی سازمان‌های بیمه‌گر و مناقشات مرتبط با این حوزه، متولیان سلامت کشور باید اجرای نظام ارجاع ، پزشک خانواده و راهنماهای بالینی را در دستور کار قرار دهند. هرچند این موارد در برنامه توسعه پنجم نیز مورد تأکید قرارگرفته است و متأسفانه انگیزه‌ای برای اجرای آن مشاهده نمی‌شود.
